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→ Leur robe résulte de l'interaction de deux gènes :
Agouti, (gène A) qui gère la présence ou l'absence de noir et Extension,
(gene E) qui s'occupe de la répartition de ces pigments noirs. Sous sa forme récessive, le gène E, masque le gène A (on dit que le premier est épistatique et le second hippostatique) : quand un cheval est alezan (ee), on ne peut pas voir quel est son statut pour le gène Agouti : AA, Aa ou aa. Mais, s'il n'est pas alezan (EE ou Ee), la différence se voit : la forme dominante (AA ou Aa) se traduit par la robe baie et la forme récessive (aa) par la robe noire.
Pour les deux gènes, le bai correspond donc à la forme dominante de l'allèle, ce qui explique sa fréquence, dans toutes races confondues : il existe 9 formules possibles pour le bai (AAEE, AAEe, AAeE, AaEE, aAEE, AaEe, AaeE, aAEe et aAeE) mais seulement 4 pour l'alezan (AAee, Aaee, aAee et aaee) et 3 pour le noir (aaEE, aaEe et aaeE).
→ Couleurs à ne pas confondre avec le Bai :- Les alezan "sooty", sont parfois confondus avec des chevaux bai, ils ont le pelage du corps rougeâtre, et les traces "fumés", le rende semblable à un bai, mais il n'a pas les extrémités noirs. Leurs jambes et les bords d'oreille sont de la même couleur que le reste de leur corps (à moins d'avoir des marques blanches) et leur crinière et la queue sont de la même couleur que leur corps ou même quelques tons plus clair. Donc rien a voire avec le bai, qui lui présente des extrémités noir !
- Les chevaux Black (robe noir) sont parfois confondus avec les bais foncés, les bai foncés ont tendance à avoir de forts reflets marron au sein de leur robe (surtout dans les parties molles : flanc, grasset, museau etc...), alors que le vrai noir, n'ont aucun reflet marron au sein de leur robe (il reste et sont entièrement noir) !
- Chez certains chevaux bai, une faible bande dorsale (countershading ou raie de mulet) est souvent observés. Mais, ce n'est pas la même, que le marquage primitive d'un cheval "dun", qui lui est due au gène dun, que nous verrons par la suite. Cette faible "raie de mulet, qui là pour le coup je préfère appelé "bande dorsal" est simplement dut a la démarcation du poils,celle-ci n'étant pas asser marquer, pour être dut a l'effet du gène responsable de ce phénomène (gène dun).